フレックスタイム制の清算期間とは｜1ヶ月･3ヶ月の仕組みや計算方法

監修弁護士 家永 勲弁護士法人ALG&Associates 執行役員

2019年4月1日に施行された「働き方改革関連法」により、フレックスタイム制の「清算期間」に関するルールが変更されて、期間の上限が1ヶ月から3ヶ月に延長されました。
フレックスタイム制とは、一定の期間（清算期間）について予め定められた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業時刻・終業時刻、労働時間を自由に決められる制度です。

今回は、フレックスタイム制の「清算期間」の変更に焦点を当てて解説します。既にフレックスタイム制を導入されている企業の方だけでなく、導入を検討中の企業の方にもお役立ていただける情報をお伝えするので、ぜひご覧ください。

フレックスタイム制の清算期間とは

清算期間とは、フレックスタイム制を採用するにあたって、労働者が働くべき時間を定める期間のことです。最長3ヶ月と定められており、1ヶ月や1週間単位などでも設定できます。

労働者は清算期間内で忙しい日は長く働き、余裕のある日は早く帰るなど、日々の労働時間を柔軟に調整することが可能です。企業側もこの期間を単位として、労働時間の集計や給与計算を行います。

清算期間は1ヶ月以内か1ヶ月を超えるかによって、法律上の規制が異なるため注意が必要です。1ヶ月を超える場合は長時間労働を防ぐための規制が設けられているほか、労使協定の届出も求められます。

2019年4月より上限が3ヶ月に延長

労働基準法の改正により、フレックスタイム制の清算期間の上限が「3ヶ月」に延長されました（労基法32条の3第1項2号）。

従来の制度では、清算期間の上限は1ヶ月までに限定されていました。そのため、労働時間の調整はその月内でしか行えず、1年を通じて繁忙期と閑散期がある業界等では、有効に活用しにくい面がありました。

しかし、法改正により清算期間を最長3ヶ月に延ばせるようになったため、月をまたいだ労働時間の調整が可能になる等、制度の柔軟性が増しました。

清算期間が1ヶ月を超える場合は労使協定の届出が必須

1ヶ月を超えた期間で清算期間を設定する場合は、その旨を定めた労使協定を管轄の労働基準監督署に届け出る必要があります（労基法32条の3第4項）。

万が一届出を怠ると、30万円以下の罰金に処せられるおそれがあるので注意しましょう（同法120条1号）。なお、清算期間の単位を1ヶ月以内にする場合、届出は不要です。

なお、フレックスタイム制の導入手順について詳しく知りたい方は、労使協定の締結も含めて解説している以下の記事を併せてご覧ください。

清算期間が1ヶ月以内のフレックスタイム制の仕組み

ここでは、清算期間が1ヶ月以内のフレックスタイム制の仕組みについて確認します。このタイプは制度の構造が比較的シンプルで、基準となる法定労働時間の総枠も把握しやすいのが特徴です。そのため、労働時間の管理も行いやすく、企業・労働者の双方にとって運用しやすい制度といえます。

法定労働時間の総枠の計算方法

清算期間を1ヶ月に設定したケースでは、1ヶ月間の実労働時間が「法定労働時間の総枠」を超えた場合、超過分は時間外労働となります。

法定労働時間の総枠とは、時間外労働の割増賃金が発生しない労働時間の範囲のことであり、労働時間の週平均が基本的に40時間以内になるように定められています。

計算式にすると、次のようになります。

法定労働時間の総枠＝（清算期間の暦日数÷7）×40時間

1ヶ月の法定労働時間の総枠は下表のとおりです。

例えば、清算期間を５月の１ヶ月間とすると、日数は31日であり、法定労働時間の総枠は177.1時間となります。

5月1日から５月31日までの実労働時間が180時間であったとすると、「180時間－177.1時間＝2.9時間」が時間外労働となります。

時間外労働・残業代の取り扱い

フレックスタイム制を取り入れているケースでも、時間外労働を行わせるためには36協定の締結が必要です。
なお、フレックスタイム制では、清算期間における労働時間のうち、法定労働時間の総枠を超えた時間が時間外労働として残業代（割増賃金）の対象になります。

具体例を使った詳しい解説や、フレックスタイム制の下での休日労働の取扱いなどの詳細は、下記の記事でご覧いただけます。ぜひ併せてご覧ください。

実労働時間に過不足があった場合の取り扱い

清算期間が1ヶ月以内であり、実際に働いた労働時間が総労働時間より長かった場合には、超過した時間分の賃金を支払います。超過した労働時間を次期に繰り越すことは認められていません。

一方で、実労働時間が総労働時間より短かった場合には、次に挙げるどちらかの方法によって処理します。

清算期間が1ヶ月を超えるフレックスタイム制の仕組み

清算期間が1ヶ月を超えるフレックスタイム制は、最長3ヶ月まで設定でき、月をまたいで労働時間を調整できるのが特徴です。繁忙期にしっかり働き、閑散期に勤務時間を抑えるといった柔軟な働き方が可能になる一方で、⽉によって繁閑差が⼤きい場合にも、繁忙⽉に過度に偏った労働時間とすることはできません。

ただし、その分ルールはやや複雑です。時間外労働や残業代の扱いなど、1ヶ月以内の場合とは異なる管理が求められます。以下で詳しく解説します。

法定労働時間の総枠の計算方法

清算期間が1ヶ月を超えるときは、清算期間の暦日数に応じて１週間当たりの所定労働時間が４０時間を超えないように総労働時間を設定し、その範囲内で労働時間を調整します。例えば、清算期間が2ヶ月・3ヶ月の場合の法定労働時間の総枠は、次のとおりです。

この総枠の範囲内であれば、月ごとの労働時間に多少の増減があっても問題ありません。

ただし、①1ヶ月ごとの労働時間が週平均50時間を超えるか、②清算期間を通じて法定労働時間の総枠を超えて労働した時間（①でカウントした時間を除く）については、その超過分が時間外労働として扱われ、割増賃金の支払いが必要になります。

繁忙期に労働時間を極端に集中させるような偏った働き方は、長時間労働につながるため認められておらず、バランスのとれた運用が求められます。

時間外労働・残業代の取り扱い

清算期間につき1ヶ月を超えて設定する場合には、次に挙げる時間は時間外労働としてカウントすることになります。

• ①清算期間を通じて、法定労働時間の総枠を超えた労働時間
  ＝清算期間全体の労働時間について、週平均40時間を超えた時間
• ②1ヶ月ごとに区分した期間において、週平均50時間を超えた労働時間

そのため、繁忙月と閑散月の差が大きい企業では、繁忙月の労働時間を過度に増すと、時間外労働が長時間に及ぶおそれがあります。

実労働時間に過不足があった場合の取り扱い

清算期間が1ヶ月を超える場合には、実労働時間が総労働時間に対して過不足のあるときでも、月をまたいで処理することができます。

そのため、特定の1ヶ月について実労働時間が総労働時間より長かったとしても、前後の月の実労働時間が総労働時間より短い場合には残業に当たらないケースもあります。

ただし、特定の月の週平均労働時間が50時間を超えている場合には、超過分の残業代を支払う必要があります。

特定の月について、実労働時間が総労働時間より短かった場合には、他の月の超過分と相殺することになります。

清算期間に関わる労務管理上の注意点

清算期間に関する労務管理では、いくつか押さえておきたい重要なポイントがあります。勤怠状況を正確に管理することに加えて、繁忙期だけ清算期間を3ヶ月に設定する場合は、管理が複雑になりやすい点に注意が必要です。

また、場合によっては、清算期間の途中で賃金の清算が必要になるケースもあります。これらのポイントについて、以下で詳しく解説していきます。

勤怠状況を適切に管理する必要がある

フレックスタイム制が適用される労働者についても、労働時間を把握するのは使用者の責任とされています。そのため、タイムカードやパソコンのログ等を活用して、各月の所定労働時間や法定労働時間を管理し、適切な時間外労働の計算を行う必要があります。

また、フレックスタイム制は自己管理が重要なので、各月の労働時間の実績を労働者に通知して、なるべく自分で労働時間を調整するように促しましょう。

ただし、自己申告のみによる管理は望ましくありません。知らないうちに労働者が過重労働に陥っていた場合には、企業の責任を追及されるおそれがあります。

繁忙期のみ3ヶ月とする場合は管理が複雑になる

下記のようにすることによって、繁忙期間のみ清算期間を3ヶ月とすることが可能です。

ただし、これらの方法を用いると時間外労働の管理がかなり複雑になります。労働者も混乱しやすいため、実際に運用する際には注意が必要です。

また、就業規則の清算期間等を修正することや、労使協定の締結時に労使間で十分に協議すること、労働者に十分に説明する機会を設けること等が必要となります。

清算期間の途中で賃金清算が必要となるケースがある

1ヶ月を超える清算期間を設定したフレックスタイム制では、清算期間中に労働者が入社、退職、異動等を行うと、賃金を清算しなければならない場合があります。

賃金を清算するときには、清算期間内における労働時間を平均して、週40時間を超えて働いた労働時間分については、割増賃金を支払うことになります。

清算期間の最後まで勤務する労働者と扱いが異なるため注意しましょう。