他に本業のあるアルバイト従業員が、当社で副業をしています。
同従業員は、本業が終わった後に当社で働くこともあるのですが、このような場合、２つの会社での労働時間は通算されるのでしょうか。
当社が把握しきれない労働時間による、思わぬ残業代が発生してしまうのではないかと危惧しています。

副業・兼業の労働者（ダブルワーク）に対する割増賃金の支払いの要否については、労働基準法３８条１項に規定があり、「労働時間は、事業場を異にする場合においても、労働時間に関する規定については通算する」とされています。
この「事業場を異にする場合」の解釈については、使用者が異なる場合であっても労働時間は通算されると考えられています。
したがって、本業と副業のそれぞれの労働時間の合計がダブルワークを行っている労働者の労働時間となります。

そして、本業と副業の労働時間を通算した場合に８時間の法定労働時間を超えて労働すると割増賃金の支払いが必要となりますが、厚生労働省の「副業・兼業の促進に関するガイドライン」Q&Aにおいては、「一般的には、通算により法定労働時間を超えることになる所定労働時間を定めて労働契約を時間的に後から締結した使用者が、契約の締結に当たって、当該労働者が他の事業場で労働していることを確認した上で契約を締結すべきことから、同法上の義務を負うことになります。」との見解が示されており、労働契約を締結した順番が重要となっています。

例えば、労働者が所定労働時間が８時間のA社と雇用契約を締結した後、相談者（B社）と雇用契約を締結した場合は、A社で８時間の労働をすることとなっているため、B社で３時間アルバイトを行った場合、A社における労働時間がすでに法定労働時間に達しているため、B社における３時間の労働時間である３時間が全て時間外労働になります。
したがって、ご相談者のケースでは、本業がフルタイム（8時間）であれば、ダブルワークを行っている労働者についての割増賃金支払義務が生じることになります。

思わぬ残業代が発生しないよう、ダブルワークの場合には、労働契約締結の順序を確認し、さらに、本業における労働時間を申告させるて、適切な労働時間管理を行うことを心がけましょう。