当該就業規則の改定を検討しているのですが、依頼者の就業規則では、残業の実施に関して、管理監督者についても許可制を採用しています。
管理監督者についても過剰な労働は抑制したいという観点から許可制を採用しておきたいのですが、維持しても良いのでしょうか。

管理監督者は、経営者と一体的な地位にあると認められ、その労働態様からして時間管理になじまないとされていること等から、管理監督者であると判断される場合には、時間外労働及び休日労働につき割増賃金を支払う必要はありません（ただし、深夜労働については、管理監督者であっても割増賃金を支払う必要があります。）。
このように、労働基準法が時間外労働等の適用を除外している管理監督者は、単に管理職である（部下がいる）というだけで認められるわけではなく、「経営者と一体的な地位にあること」（誤解を恐れずに表現すれば、会社における中核となっている労働者であること）が要求されています。

このように、日常用語と法律上の用語にギャップがあることから、会社がある従業員を管理監督者（管理職）だとと判断していたとしても、裁判例において労働基準法が定めている「管理監督者」と認めない例は多いです。
このような管理監督者について、就業規則にて、「残業をする際には、上長の許可を得ること」等と定めると、本来的には時間管理になじまない業務をしているはずの管理監督者に対して、厳格な時間管理をしていたものとして、管理監督者ではないと認定される方向に傾きます。
したがって、就業規則において、管理監督者の残業を許可制と定めることは望ましくなく、削除したほうがよろしい旨をアドバイスしました。
実際に、裁判例においても、管理監督者性を否定する一事情として、残業許可制が採られていたことを挙げたものがあります。

一方で、働き方改革に関連する法改正によって、管理監督者の労働時間の状況を把握することは求められていることから、許可制ではなく、時間管理を抑制しない形で、労働時間の状況を把握するために届出をさせる程度であれば、維持する余地はあると考えられます。