現在、当社の従業員は、社内に設置されている1台の端末で、出勤及び退勤の打刻を行っています。
従業員は複数名いるため、全員が打刻を終えるまでには1～3分程度の時間がかかります。
当社では、残業時間は1分単位で集計をしているため、打刻した順番によって最大５分程度の差が生じることとなってしまいます。

従業員たち本人には打刻をさせず、責任者が号令をかけた時点を従業員らの退勤時刻として登録してしまうことはリスクとなりますか。

厚労省のガイドラインによると、始業・終業刻の確認については、原則として、①「使用者が、自ら現認することにより確認し、適正に記録する」か②「タイムカード……等の客観的な記録を基礎として確認し、適正に記録する」方法によるべきとされています。
そのため、責任者が時間外労働を行わない労働者の終業を個別に確認して、その時間をまとめて記録すること自体は、①に従った記録方法であり、直ちに問題があると評価されるものではないと存じます。なお、号令をかけただけでは、個別の労働者の時間外労働の状況を把握したことにはなりませんので、個別に確認する必要があります。

なお、従業員自身が行うタイムカードによる記録の方が一般に証拠価値が高いことからすると、リスク管理という観点からは、やはり従業員本人が打刻するタイムカードによる勤怠管理を継続することが望ましいものと存じます。現認による方法は、運用を維持し続けるという課題があるほか、適正な把握がなされていなかったときには時間外労働の記録が残らず過剰な請求がなされるリスクも残ります。
そこで、タイムカードによる勤怠管理を継続しながら、打刻した順番による差を解消する方策としては、例えば、社内に設置されている共有端末（現在１台が設置されているもの）を増やすという手段が考えられるものと存じます。

上記の①による方法を採用するか、時間内の打刻を可能とする方法によるかについては、リスクとコストとの兼ね合いを踏まえて、判断すべき事項になると考えます。