自動車通勤をしている従業員が渋滞等を理由に遅刻してきた場合、どのように取り扱えばよいのでしょうか。電車通勤の場合には、遅延証明書の提出をもって遅刻扱いとしないという調整を行っていますが、自動車通勤の場合にこのような配慮はいらないのでしょうか。
また、遅刻分について時間有給を自動的に消化する仕組みをとっているのですが、このやり方は法的に問題がありますでしょうか？

そもそも、電車遅延についても、当該遅延が労働者の責に帰すべき事由がないとは必ずしも言えないことから、欠勤控除を行うことが法的に不可能というわけではありません。
自動車通勤には渋滞がつきものです。そして、自動車通勤者は、当然渋滞を予期して早めに家を出るべきといえます。
したがって、会社は自動車通勤者の遅刻については、調整等をせずにそのまま遅刻として取扱い、欠勤控除等をしていただいて問題ないと考えます。問題が生じるとすれば、法的に可能か否かではなく、電車通勤と自動車通勤の遅刻時の控除における公平性かと思われますので、労働者の不満の程度などから自社の環境を踏まえて会社のルールを設定することが適切と考えられます。

なお、遅刻分を時間給に自動的にあてる仕組みには法的に問題があります。
有給休暇は労働者の権利であり、これをを行使するか否かの判断はもっぱら労働者に委ねられています。
したがって、会社が一方的に、遅刻分について時間有給を自動的にことは認められません。
この場合には、そのまま遅刻として取扱うか、労働者の同意を得て、時間有給をあてるのかいずれかの処理を行うようにしましょう。