懲戒処分をするかどうかを検討するため従業員に自宅待機を命じているが、この間の給与について有給処理してよいか。

年次有給休暇については、原則として、労働者の請求する時季に与えなければならないとされています（労基法39条5項本文）。
また、労務提供を受ける労働日の労働義務を消滅させることが有給の法的効果であるところ、自宅待機を命じている場合は、労働義務はすでに消滅させているとも考えられます。

この点、自宅命令を命じたことによる欠勤は、会社の自宅待機命令に基づくものであり、従業員からの有給申請に基づくものではないため、有給処理を行った場合には労基法39条5項本文に違反すると判断される可能性がございます。

有給処理するためには、労働者が有給処理を希望する場合に、会社が自宅待機命令を一部撤回した上で、有給を取得させるという処理になると考えられます。

なお、当該労働者に有給休暇を取得する権利が年10日以上付与されている場合には、年5日の消化義務があることから、その範囲であれば、使用者は、労働者の意見を聞いたうえで、年5日の範囲に限り、有給休暇の指定が可能とされています。
当該指定の範囲であれば、自宅待機命令を撤回した上で、有給休暇を取得させることは不可能ではないと考えられます。
いずれにせよ、労働者の意見を踏まえて決定する必要はありますので、一方的に有給処理することは控えていただくべきと考えられます。