弊社ではこの度、定額残業代の導入を行うこととなりました。運用としては、「固定残業手当」といった形で、時間外労働100時間分程度の手当を基本給とは別に支給し、100時間分を超過した時間外労働については、別途時間外手当をつける形で運用しようと考えています。
このような運用で法的に問題はないでしょうか。

結論から申し上げると、ご提示いただいた内容で定額残業代を導入することは避けるべきと考えます。

定額残業代は、割増賃金を予め定額支給する制度です。定額残業代には、基本給の中に割増賃金分を組み込んでしまう類型と、●●手当等の形で別途の手当として支給する類型の2種類の支給方法があります。貴社の場合、定額残業代を別途の手当として支給するとのことですので、後者の類型に分類されます。

そして、定額残業代が適法であるというには、通常の労働時間の賃金にあたる部分と割増賃金にあたる部分とを判別することができ、当該割増賃金部分が時間外労働等の対価として支払われていることが必要とされています。そうしますと、貴社の想定されている定額残業代制度の導入方式であれば、明確に通常の賃金と割増賃金とが区別されており、定額残業代が時間外労働に対する対価として支払われているものと判断される可能性が高いと存じます。

他方で、定額残業代制度を導入するとしても、定額残業代として組み込む時間外労働時間を無制限に設定することができるわけではありません。労基法上も、残業時間の上限が45時間に設定されていることもあり（労基法第36条第4項）、過度に長時間の労働時間に相当する定額残業代を設定したとしても、公序良俗に反するものとして違法・無効であると判断される可能性が高いと考えられます。

個々の事例にもよりますが、裁判例の傾向をみますと、定額残業代として組み込む時間数の設定としては、45時間を上限とするのが法的リスクを回避する観点からは望ましいと考えられます。

まずは、貴社において業務内容の見直し等を行い、削減できる業務を見定めて労働時間を削減し、定額残業代制度において適法と判断され得る時間外労働時間数の設定を行うのがよいと考えます。