当社の社員が数年にわたり、会社の資金を横領していたことが発覚しました。
横領が発覚した金額については全額返金をうけているものの、横領された金額はかなり高額になっています。
本人も口頭ではありますが、退職の意向を示していますし、会社としても解雇としたいと思います。
他の社員への示しという点を考慮したとき、このまま懲戒解雇をするべきでしょうか。また、今後退職の手続きを進めるにあたって、気を付けるべきことはありますか。

横領が発覚し、その額が高額であったとしても即懲戒解雇が有効になるとは限りません。
解雇は「客観的に合理的であて社会通念上相当であると認められること」が必要です（労働契約法16条）。解雇が有効であるかどうかは、様々な事情を総合的に考慮して判断されることになりますが、裁判実務において、解雇が有効とされるためのハードルは高いと言わざるを得ません。

本件の場合には、横領された額が高額とのことですが、横領した社員から全額の返金がされています。金額や横領していた期間等の事情次第では、懲戒解雇が有効であると判断される可能性は十分にあると考えられますが、確実に有効であるということはできません。

また、懲戒解雇当時において本人が納得していたとしても、退職後に気が変わって解雇の有効性が争われる可能性もないとは言えません。
そのため、有効な退職をさせることを念頭におく場合には、懲戒解雇ではなく、合意退職によって退職させることが推奨されます。
なお、合意退職を進めるにあたっては、退職に関する合意が成立したことを証するために、退職合意書を作成しておくようにしておきましょう。