弊社では、賃金規程上、「課長代理」以上の者を管理監督者としていますが、課長代理を管理監督者に含むこの運用は、法的に問題ありませんでしょうか。
なお、課長代理以上であっても、遅刻・早退については時間有給を充当させて、不足労働が発生しないようにしています。

貴社の課長代理は、労基法上の管理監督者には該当しないと判断される可能性が高いものと思料いたします。

管理監督者に該当するか否かについては、労働条件の決定その他労務管理について経営者と一体的な立場にあるものをいい、名称にとらわれず実態に即して客観的に判断すべきと考えられています。
管理監督者該当性の判断にあたっては、
①職務や責任からみた労務管理上の使用者との一体性
②勤務態様として自らの勤務時間を自主的・裁量的に決定している
③賃金、手当等の面でその地位にふさわしい待遇を受けていること
の３点が考慮されます。

いただいた情報によれば、③待遇の要素については明らかではありませんが、②労務管理の要素については、課長代理以上であっても遅刻・早退については時間有休を充当させて不足労働が発生しないようにされているとのことですので、勤務時間を自主的・裁量的に決定しているとはいえないと判断される可能性が高いものと思料いたします。
また、①職責の要素については、「課長代理」では使用者と一体といえるほどの職務や責任を有していると判断されることは稀かと存じますので、基本的には、この要素も否定される可能性が高いものと考えられます。

以上の点を踏まえますと、いただいた情報からすれば、貴社の課長代理は、法的には管理監督者には該当しないと判断される可能性が高いものと思料いたします。
なお、会社によって、管理監督者に該当する者の範囲は変動し得るものと考えられますが、いずれにしても法的な管理監督者に該当するか否かは、上記要素に鑑みて厳格に判断されるところとなります。