監修弁護士 家永 勲弁護士法人ALG&Associates 執行役員

フレックスタイム制を導入している場合、清算期間の終了時には必ず労働時間の過不足をチェックする必要があります。この確認を怠ると、時間外労働の見落としや賃金計算のミスにつながり、未払い残業代などのトラブルを招くおそれがあるため注意が必要です。

この記事では、労働時間に過不足が生じた場合の対応方法や、割増賃金が発生するケースなど、フレックスタイム制の注意点について解説します。企業担当者の方は、ぜひ参考になさってください。

フレックスタイム制で労働時間に過不足があった場合はどう対応する？

清算期間内における法定労働時間と、実際に働いた労働時間との差は「過不足時間」と呼ばれます。

フレックスタイム制では、1日ごとではなく清算期間全体で労働時間を管理するため、勤務状況によっては期間終了時に労働時間に過不足が生じることがあります。この場合、過不足の内容に応じて適切に賃金を精算しなければなりません。
そのため、企業は清算期間ごとに労働時間を正確に集計し、過不足の有無をしっかり確認する必要があります。過不足が発生した場合の具体的な対応は、次のとおりです。

フレックスタイム制の清算期間について詳しく知りたい方は、以下のページをご覧ください。

労働時間が超過した場合

実労働時間が法定労働時間を上回る場合、超過分に対して割増賃金の支払いが必要になります。

ただし、時短勤務者のように1日の所定労働時間が短い場合には、清算期間の総労働時間も短くなるため、実労働時間が総労働時間を上回っても、なお法定労働時間に達しないケースがあります。このような場合は、総労働時間を超えて働いても、法定労働時間に達するまでは時間外労働とはならず、割増賃金も発生しません。

なお、深夜労働や休日労働については、清算期間における総労働時間や時間外労働とは別に取り扱われます。これらは別途集計し、それぞれに応じた割増賃金を支払う必要があります。

労働時間が不足した場合

実労働時間が法定労働時間を下回った場合、対応方法は以下の2つです。

• ①不足時間分の賃金を控除する
• ②不足分の時間を繰り越し、次の清算期間に加算する

②の場合、次の清算期間の総労働時間が、法定労働時間を超えないよう注意が必要です。
つまり、「繰り越し分＋次の清算期間の総労働時間」は、法定労働時間の範囲内に収めなければなりません。
そのため、総労働時間が短い時短勤務者などを対象とするのが一般的です。

フレックスタイム制で割増賃金が必要になるケース

フレックスタイム制で割増賃金の支払いが必要になるのは、次のようなケースです。

• 清算期間を通じて、労働時間が法定労働時間の総枠を超えた場合
  例えば、清算期間を1ヶ月（暦日数30日）とすると、法定労働時間の総枠は171.4時間となります。この総枠を超えた分については、25％以上の割増賃金を支払う必要があります。
• 清算期間が1ヶ月を超える場合で、1ヶ月ごとの週平均労働時間が50時間を超えた場合
  超過した分は時間外労働となり、25％以上の割増賃金が発生します。
• 深夜労働を行った場合
  午後10時〜午前5時に労働させた場合は、25％以上の割増賃金の支払いが必要です。
• 休日労働を行った場合
  法定休日（週1日または4週4日）に働かせた場合は、35％以上の割増賃金が発生します。

深夜労働や休日労働は、清算期間全体での労働時間の過不足に関係なく、それだけで割増賃金が発生します。
割増賃金が必要なケースについては、以下の記事でも詳しく解説しています。

時間外労働の上限規制にも注意が必要

フレックスタイム制でも、時間外労働の上限規制は適用されます。よって、時間外労働を行う場合は36協定の締結が必要です。
また、上限時間は以下の範囲内に収める必要があります。

• 月45時間以内
• 年360時間以内

フレックスタイム制の場合、1日の時間外労働の上限を定める必要はありません。清算期間を通して、時間外労働ができる上限時間を定めることになります。

ただし、清算期間が1ヶ月を超える場合、期間全体だけでなく月単位でも労働時間の上限が決まっており、上限を超えた時間は時間外労働にカウントされます。そのため、「忙しい月だけ極端に長く働き、翌月はほとんど働かない」といった偏った働き方は認められません。

なお、繁忙期など臨時的な事情がある場合は、特別条項付き36協定を結ぶことで、月45時間・年360時間を超える残業が認められます。ただし、45時間を超えられるのは年6回まで、年720時間以内などの制限は守らなければなりません。

フレックスタイムにおける時間外労働の取扱いは、こちらの記事でも詳しく解説しています。

フレックスタイム制の過不足への対応に関する注意点

フレックスタイム制を適切に運用するためには、労働時間の過不足への対応について、あらかじめルールを明確にしておくことが重要です。特に以下のポイントは実務上トラブルになりやすいため、事前にしっかり確認しておきましょう。

• ①労働時間の超過分は次の清算期間に繰り越せない
• ②遅刻・欠勤・早退への対応ルールを明確にする
• ③就業規則や賃金規程への明記と周知が必要になる

フレックスタイム制を導入する流れや手順については、以下のページで詳しく解説しています。

労働時間の超過分は次の清算期間に繰り越せない

労働時間の超過分（いわゆる働きすぎた時間）は、不足した場合のように次の清算期間に繰り越すことはできません。清算期間の総労働時間を超えた場合は、その超過分の賃金を当月中に支払う必要があります（労基法24条）。

例えば、総労働時間よりも10時間上回った場合には、次の清算期間の総労働時間から10時間分を差し引くのではなく、10時間分の賃金を支払わなければなりません。翌月で調整するといった対応は認められていないため、適切なタイミングで賃金処理を行うことが重要です。

遅刻・欠勤・早退への対応ルールを明確にする

フレックスタイム制では総労働時間が定められていますが、始業・終業時間は固定されていません。そのため、「遅刻」や「早退」という考え方は基本的にありません。コアタイムに遅刻や早退をしたり、欠勤したりしても、清算期間内の実労働時間が総労働時間を満たしていれば、基本的に賃金控除はできないためご注意ください。

労働者にペナルティを与えたい場合は、賃金控除以外の方法で対応する必要があります。例えば、皆勤手当や賞与の減額、昇給・昇格の評価への反映などが考えられます。さらに、指導や懲戒処分を行うことも可能です。これらの取扱いについては、トラブルを防ぐためにも、あらかじめ就業規則に明記し、従業員に周知しておくことが重要です。

フレックスタイム制における遅刻の扱いについて詳しく知りたい方は、以下の記事をご覧ください。

就業規則や賃金規程への明記と周知が必要になる

労働時間に過不足が発生したときの対応は、あらかじめルールを定めて就業規則や賃金規程に明記しておくことが重要です。あいまいな運用はトラブルの原因となるため、以下のような事項を定めておきましょう。

こうしたポイントを明確にしておくことで、労使双方の認識のズレを防ぐことができます。また、従業員も自身の労働時間を適切に管理しやすくなるでしょう。

なお、就業規則は従業員に周知してはじめて効力を持つものです。書面配布や社内システムでの閲覧、掲示などにより、従業員がいつでも内容を確認できる状態にしておくことが大切です。

フレックスタイム制を違法に運用するとどうなる？

フレックスタイム制を正しく運用できていないと、制度そのものが無効と判断され、労働基準法上の原則的な労働時間管理（1日8時間・週40時間）が適用されます。その結果、未払い残業代が発生し、労働者から請求を受けたり、裁判に発展したりするリスクが高まります。

さらに、残業代を支払わないまま放置すると、6ヶ月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科される可能性があるためご注意ください。加えて、必要な労使協定の届出義務を怠った場合も、30万円以下の罰金の対象となるため、手続面でも確実な対応が求められます。

フレックスタイム制が違法になるのは、以下のようなケースです。

• 労働時間が増えないよう、有給休暇の取得を認めない
• 時間外労働について、割増賃金ではなく休日を与えて相殺する
• 時間外労働した分を、次の清算期間で差し引く
• 割増賃金を支払わない
• 始業時刻や終業時刻が固定されている
• コアタイムではない時間帯の会議への出席を強要する

フレックスタイム制のよくある質問

フレックスタイム制は1日の上限時間を設定したほうがいいのでしょうか？

フレックスタイム制であっても、1日の上限時間を設定しておくことをおすすめします。
自由度が高い制度である反面、長時間労働になりやすいというデメリットがあるためです。

上限を設けることで過度な労働を防ぎ、従業員の健康確保につながります。また、フレックスタイム制でも時間外労働の上限規制は適用されるため、上限時間を定めておくことは法令遵守の面でも重要です。

さらに、勤務時間のばらつきをある程度抑えられるため、清算期間内の過不足も調整しやすくなり、企業の負担も軽減されます。

フレックスタイムの清算期間は長いほうが労働時間の過不足を調整しやすいですか？

清算期間が長いほど、労働時間の過不足を調整しやすくなります。

清算期間は基本的に1ヶ月以内で定めますが、労使協定を締結すれば最長3ヶ月まで延長が可能です。
清算期間を長くすれば、月をまたいで調整できるため、より柔軟な働き方が実現できます。

例えば、繁忙期の月に労働時間が増えても、翌月に勤務時間をセーブすれば、清算期間の総労働時間の範囲内に収めることができます。その結果、残業代の発生が抑えられる点もメリットです。

清算期間の延長方法について詳しく知りたい方は、こちらの記事もご覧ください。

フレックスタイム制の清算期間が3カ月に延長｜時間外労働の考え方など

フレックスタイム制の不足時間を代休や有給休暇で補填できますか？

フレックスタイム制において、不足している労働時間を後から代休や有給休暇でカバーすることは、基本的に認められていません。代休は休日出勤の代わりに与えられる休みであり、有給休暇も本来出勤予定の日に休む制度であるため、不足時間の穴埋め目的で使うことは制度の趣旨にそぐわないためです。

ただし、あらかじめ有給休暇を取得することを申請し、その日の所定労働時間を労働したものとして扱い、清算期間の総労働時間に算入することは可能です。

フレックスタイム制で60時間超の残業になった場合はどうなりますか？

フレックスタイム制でも、月の時間外労働が60時間を超えた場合、その超過分には50％以上の割増賃金が必要です。清算期間が1ヶ月以内の場合はシンプルで、その月の時間外労働が60時間を超えれば、超えた分について1.5倍の割増が適用されます。

また、清算期間が1ヶ月を超える場合でも、判定は清算期間全体ではなく月ごとに行います。初月であっても、週平均50時間以上の時間が月60時間を超えれば、1.5倍を適用しなければなりません。また、清算期間終了後の精算で結果的に60時間を超えた場合も同様です。

労働時間の不足が慢性化している社員へはどのような対応をすべきですか？

まずは面談を行い、労働時間が不足している原因を特定しましょう。業務量の問題だけでなく、本人の時間管理や働き方に課題があるケースも含まれます。そのため、業務量や人員配置の見直しに加え、業務の進め方や自己管理についても指導を行う必要があります。

それでも改善が見られない場合は、人事評価への反映や注意指導を強化し、最終的にはフレックスタイム制の適用除外も検討しなければなりません。

ただし、トラブルを防ぐため、あらかじめ労使協定と就業規則に解除事由を定めておくことが必要です。

フレックスタイム制の労働時間の過不足の対応は弁護士にご相談ください

フレックスタイム制は自由度の高い制度ですが、企業としては労働時間の管理が複雑になります。
特に、労働時間に過不足がある場合や、時間外労働が発生した場合、対応には十分注意が必要です。
また、遅刻や早退の取扱い、年次有給休暇の取得、休憩時間の管理など、通常の労務管理とは異なる点も多くなっています。

弁護士であれば、企業の実態に合った制度設計ができるため、導入時や運用後の混乱を防ぐことができます。
「フレックスタイム制の導入方法で悩んでいる」「うまく運用できるか不安がある」などとお困りの方は、ぜひ一度弁護士法人ALGにご相談ください。